Ołów

Długi niekodujący RNA, lncRNA to niekodujący RNA o długości większej niż 200 nukleotydów, na ogół między 200-100000 nt.lncRNA reguluje ekspresję genów na poziomie epigenetycznym, transkrypcyjnym i posttranskrypcyjnym oraz uczestniczy w wyciszaniu chromosomu X, imprintingu genomu i modyfikacji chromatyny, aktywacji transkrypcji, interferencji transkrypcji, transporcie jądrowym, regulacji cyklu komórkowego, regulacji różnicowania komórek i efektach kompensacji dawki (efekt kompensacji dawki) i wielu innych ważnych procesach regulacyjnych, które są ściśle związane z występowaniem, rozwojem i zapobieganiem chorobom człowieka i są obecnie jednym z gorących punktów w dziedzinie biomedycyny.

01  Rodzaje i charakterystyka LncRNA

lncRNA dzieli się na wiele typów w zależności od różnych źródeł jego powstawania, jak pokazano na powyższym rysunku.Ma następujące cechy:

1. lncRNA są zwykle dłuższe, z dynamiczną ekspresją i różnymi metodami splicingu podczas różnicowania
2. W porównaniu z genami kodującymi, lncRNA ma zwykle niższy poziom ekspresji
3. Większość lncRNA ma oczywistą czasową i przestrzenną specyficzność ekspresji w procesie różnicowania i rozwoju tkanek
4. Istnieją charakterystyczne wyrażenia w nowotworach i innych chorobach
5. Subkomórkowe lokalizacje lncRNA są zróżnicowane
6. Sekwencja jest mało zachowana, ale funkcja ma pewien stopień zachowania itp.

02 Często zadawane pytania dotyczące odwrotnej transkrypcji LncRNA

Ze względu na niską zawartość lncRNA w komórkach, dużą długość i strukturę wysokiego poziomu, taki RNA często ma złożone struktury, takie jak pętle łodyg lub spinki do włosów, a RT-qPCR jest podatny na problemy z nieudaną odwrotną transkrypcją lub niską wydajnością.

03 Rozwiązanie do odwrotnej transkrypcji LncRNA

W centralnej regule proces wirusów RNA wykorzystujących własną odwrotną transkryptazę do syntezy DNA przy użyciu RNA jako matrycy nazywany jest odwrotną transkrypcją.Proces wykorzystania odwrotnej transkryptazy wirusa RNA do syntezy matrycy cDNA in vitro nazywany jest odwrotną transkrypcją.Główne elementy wchodzące w skład systemu odwrotnej transkrypcji: matryca RNA, odwrotna transkryptaza, startery i inne składniki.

1. Matryca RNA

Wpływ matrycy RNA na odwrotną transkrypcję przejawia się w jej strukturze, czystości i integralności.Im wyższa czystość i integralność wyekstrahowanego RNA, tym wyższa wydajność odwrotnej transkrypcji i dokładniejsze późniejsze wyniki ilościowe.RNA oczyszczone powszechnie stosowanymi odczynnikami do ekstrakcji RNA często zawiera pozostałości soli alkoholowych i guanidynowych, które mają silne działanie hamujące na większość odwrotnych transkryptaz.

2.Odwrotna transkryptaza

Odwrotna transkryptaza ma kluczowy wpływ na cały system odwrotnej transkrypcji.Odpowiednia temperatura dla odwrotnej transkryptazy stosowanej w większości laboratoriów wynosi na ogół 42°C.W rzeczywistości otwarcie struktury RNA wysokiego poziomu wymaga wyższej temperatury, a wymagania wobec odwrotnej transkryptazy są wyższe.

3.Elementarz

Startery do odwrotnej transkrypcji obejmują startery specyficzne dla genu, startery losowe i startery oligo dT.Większość lncRNA nie zawiera ogonów poliA i ważne jest, aby odpowiednio dopasować losowe startery do Oligo dT.

4. Inne komponenty

Biorąc pod uwagę fakt, że RNA jest szczególnie łatwy do degradacji, można zminimalizować wprowadzanie składników do systemu odwrotnej transkrypcji, co może skutecznie zapobiegać wejściu RNazy i zapewnić płynny przebieg odwrotnej transkrypcji.

Foregeneuzyskuje z matrycy RNA odwrotną transkrypcję do qPCR

Kompleksowo eskortuj wykrywanie lncRNA

Całkowity RNA zwierzęcy IrozwiązanieZestaw (z kolumną do usuwania gDNA)

Komórkowy całkowity RNA IrozwiązanieZestaw (z kolumną do usuwania gDNA)

Lnc-RT HeroTM I (z gDNazą) (Super Premix do syntezy pierwszej nici cDNA z lncRNA)

PCR w czasie rzeczywistym EasyTM-SYBR Green I

Azalety ofEkstrakcja RNA:

Zestaw wykorzystuje technologię ekstrakcji RNA trzeciej generacji, bez konieczności stosowania DNazy.

11 minut z 96-, 24-, 12- i 6-dołkowych płytek hodowlanych, wysokowydajna ekstrakcja wolnego od gDNA, wysokiej czystości całkowitego RNA komórkowego.

Zalety odwrotnej transkrypcji lncRNA:

System odwrotnej transkrypcji opracowany specjalnie dla LncRNA w celu szybkiego usuwania zanieczyszczeń genomowym DNA.

System odwrotnej transkrypcji ma wysoką stabilność termiczną i nadal ma dobrą wydajność odwrotnej transkrypcji w temperaturze 50°C.

Szablony o wysokiej zawartości GC i złożonej strukturze drugorzędowej można odwracać z dużą wydajnością.

Zaletyof qPCR:

Hot start Foregene Taq Polymerase ma wyższą wydajność amplifikacji, wyższą czułość amplifikacji i wyższą specyficzność amplifikacji

Zoptymalizowany Real PCR Easy Mix sprawia, że ​​SYBR Green I ma wyższą czułość wykrywania, a jego intensywność fluorescencji jest 3-5 razy większa niż w przypadku podobnych produktów, które mogą zaspokoić potrzeby różnego rodzaju eksperymentów ilościowych z fluorescencją.