Ostatnio odkryłem coś niesamowitego!Wielu zaawansowanych profesjonalistów zajmujących się eksperymentami wokół niego nie zna nawet kilku bardzo podstawowych punktów wiedzy eksperymentalnej.

Na przykład, czy możesz odpowiedzieć na następujące pytania?

Czy jest różnica między OD260 a A260?Co znaczy każdy?
OD to skrót oznaczający gęstość optyczną (optyczna gęstość), A to skrót absorbancji (absorbancji), te dwa pojęcia są w rzeczywistości takie same, „gęstość optyczna” to „absorbancja”, ale „gęstość optyczna” jest zgodna z większością norm krajowych i bardziej znormalizowana.

Zwykle mierzymy wartość OD przy 260 nm, aby obliczyć stężenie kwasu nukleinowego, więc co reprezentuje 1OD?
Kwas nukleinowy ma maksymalny pik absorpcji przy długości fali 260 nm, który zawiera zarówno DNA, jak i RNA, a także fragmentaryczne fragmenty kwasu nukleinowego (to jest kluczowa kwestia).
Wartość OD mierzoną przy długości fali 260 nm rejestrowano jako OD260.Jeśli próbka jest czysta, wartość OD260 może obliczyć stężenie próbki kwasu nukleinowego.
1 OD260=50 μg/ml dsDNA (DNA dwuniciowe)
=37 μg/ml ssDNA (jednoniciowy DNA)
=40 μg/ml RNA
=30 μg/ml dNTP (oligonukleotydy)
Czy istnieje jakiś związek i różnica między RT-PCR, Realtime-PCR i QPCR?
RT-PCR to skrót od PCR z odwrotną transkrypcją
Real Time PCR=qPCR, skrót od Quantitative Real Time PCR
Chociaż PCR w czasie rzeczywistym (ilościowy PCR fluorescencyjny w czasie rzeczywistym) i PCR z odwrotną transkrypcją (PCR z odwrotną transkrypcją) wydają się być określane skrótem RT-PCR.Ale międzynarodowa konwencja brzmi: RT-PCR odnosi się konkretnie do PCR z odwrotną transkrypcją.

Jakie są powszechnie używane nt, bp i kb do opisania długości DNA/RNA w biologii?
nt = nukleotyd
bp = para zasad para zasad
kb = kilozasad

Oczywiście można powiedzieć, że wiele osób nie dba o te drobne szczegóły!Wszyscy to robią i nikt nie zapyta, co to jest.Wiesz, że to niepotrzebne, prawda?

Nie, nie, nie, bardzo trzeba to wiedzieć!z powodu czego?
Ponieważ chcesz opublikować artykuł!Brat!Niezależnie od tego, czy dążysz do ukończenia studiów, czy osiągasz osiągnięcia w badaniach naukowych, musisz polegać na artykułach, aby mówić!

Ekstrakcja kwasu nukleinowego powinna być najprostszym i najbardziej podstawowym eksperymentem.Jakość ekstrakcji kwasów nukleinowych bezpośrednio determinuje wyniki kolejnych eksperymentów.

Chociaż mówiłem to wiele razy, wciąż jest wielu przyjaciół, którym to nie przeszkadza.Tym razem postanowiłem wyjść z artykułu!

Minimalne informacje do publikacji ilościowych eksperymentów PCR w czasie rzeczywistym, określane jako MIQE, to zbiór wytycznych dotyczących ilościowych eksperymentów fluorescencyjnych wprowadzony na skalę międzynarodową, który proponuje minimalne standardy informacji eksperymentalnych niezbędnych do oceny eksperymentów ilościowej fluorescencji PCR i publikowania artykułów.Dzięki warunkom eksperymentalnym i metodom analizy dostarczonym przez eksperymentatora recenzenci mogą lepiej ocenić ważność schematu eksperymentalnego badacza.

Można zauważyć, że w części dotyczącej ekstrakcji kwasów nukleinowych zaproponowano następujące elementy wykrywania:

„E” oznacza informacje, które należy podać, a „D” oznacza informacje, które należy podać w razie potrzeby.

Formularz jest bardzo skomplikowany, w rzeczywistości chcę powiedzieć, że każdy musi zacząć od

czystość (D), wydajność (D), integralność (E) i konsystencję (E) w celu oceny kwasów nukleinowych w tych czterech aspektach.

Zgodnie z nawykami eksperymentalnymi najpierw porozmawiaj o metodach oceny czystości i koncentracji.

Pomiar OD jest ulubioną i najłatwiejszą metodą wykrywania dla eksperymentatorów.Jeśli chodzi o zasadę, nie będę tutaj wchodził w szczegóły.Wiele laboratoriów używa obecnie ultramikrospektrofotometrów do bezpośredniej ilościowej analizy próbek kwasów nukleinowych.Podczas wyświetlania wartości absorbancji program bezpośrednio podaje wartość stężenia (kwasu nukleinowego, białka i barwnika fluorescencyjnego) oraz powiązane współczynniki.Co do analizy wartości OD to zapisz ten obrazek i będzie dobrze.

Uniwersalna lista rozwiązań wartości OD

Istnieje jednak kilka zastrzeżeń, które należy przedstawić osobno.

(W końcu wiem, że to wy musicie oszczędzać i czekać, aż ich będziecie potrzebować!)

Uwaga 1 Wyposażenie

Na wartość OD będzie mieć wpływ inny sprzęt.Dopóki OD260 mieści się w pewnym zakresie, wartości OD230 i OD280 są znaczące.Na przykład zakres absorbancji zwykłego Eppendorf D30 przy 260 nm wynosi 0~3 A, a NanoDrop One firmy Thermo przy 260 nm.Zakres absorbancji 0,5 ~ 62,5 A.

Uwaga 2Odczynnik do rozcieńczania

Na wartość OD może mieć wpływ rozcieńczenie różnych odczynników.Na przykład odczyt OD260/280 oczyszczonego RNA w pH7,5 10 mM Trisbufor wynosi między 1,9-2,1, podczas gdy wobojętny roztwór wodnystosunek będzie niższy, może tylko 1,8-2,0, ale to nie znaczy, że jakość RNA się zmienia.

Uwaga 3Pozostałości substancji

Istnienie substancji resztkowych wpłynie na dokładność pomiaru stężenia kwasu nukleinowego, dlatego konieczne jest unikanie w miarę możliwości pozostałości białek, fenolu, polisacharydów i polifenoli w próbkach kwasów nukleinowych.

Jednak w rzeczywistości ekstrakcja odczynnikami organicznymi jest starą metodą.W zestawach komercyjnych efekt ekstrakcji można uzyskać poprzez kolumnę adsorpcyjną na bazie krzemionki połączoną z wirowaniem, unikając toksycznych i szkodliwych odczynników organicznych, które są trudne do usunięcia itp. Problem, taki jak np.Zestaw do ekstrakcji kwasu nukleinowego Foregene, nie wykorzystuje DNazy/RNazy i toksycznych odczynników organicznych podczas całej operacji, szybko i bezpiecznie, iefekt jestDobry(przypadkowo powiedziałem, że był łysy, ale wiem, że chcesz wiedzieć).

Przykład 1: Wydajność i czystość ekstrakcji genomowego DNA

Foregene Soil DNA Isolation Kit (DE-05511) traktuje próbki gleby z różnych źródeł, a ilość i czystość uzyskanego genomowego DNA przedstawiono w poniższej tabeli:
Przykład 2: Wydajność i czystość ekstrakcji tkankowego RNA

Zestaw do izolacji całkowitego RNA zwierząt (RE-03012) przetwarzał różne próbki tkanek, a ilość i czystość uzyskanego RNA przedstawiono w poniższej tabeli (dla tkanki myszy):
Nie myśl jednak, że skończyłeś z wartością OD.Czy masz jakieś zajęcie się kluczowymi punktami, które narysowałem dla ciebie z przodu?

Ogłoszenie

Fragmentaryczne cząsteczki kwasu nukleinowego zostaną również obliczone w absorbancji.Zakładając, że masz pozostałości genomowego DNA w RNA, twoja wartość OD będzie wyglądać na bardzo wysoką, ale nie można określić rzeczywistego stężenia RNA.Czy twoje RNA jest Nie jest jasne, czy doszło do degradacji, więc nadal potrzebujemy kompleksowej metody oceny, aby uzyskać dokładniejszą ocenę, to znaczy oceny integralności kwasu nukleinowego, o której mowa w MIQE.